Multi-trait modeling in polygenic scores (複数の表現型を考慮したポリジェニック・スコア解析)

Date:

大阪大学医学系研究科のバイオインフォマティクスセミナーにて、発表の機会をいただきました。

Title

複数の表現型を考慮したポリジェニック・スコア解析

Multi-trait modeling in polygenic scores

Slides

Multi-trait modeling in polygenic scores

References

  • [1] Qian, Tanigawa, et al. PLoS Gen. (2020). (PMID: 33095761)
    • Batch screening iterative Lasso (BASIL) & R snpnet package
  • [2] Tanigawa, Qian, et al. PLoS Gen. (in press) (doi: 10.1101/2021.09.02.21262942)
    • Phenome-wide application of BASIL/snpnet
  • [3] Sinnott-Armstrong, Tanigawa, et al. Nat Gen. (2021). (PMID: 33462484)
    • Genetics of 35 biomarkers, multi-PRS
  • [4] Tanigawa, Li, et al. Nat Comm (2019). (PMID: 31492854)
    • DeGAs - decomposition of genetic associations
  • [5] Aguirre, Tanigawa, et al. Eur J Hum Genet. (2021). (PMID: 33558700)
    • DeGAs-PRS (dPRS)
  • [6] Qian, Tanigawa, et al. Ann Appl Stat. (in press). (doi: 10.1101/2020.05.30.125252)
    • Sparse reduced rank regression (SRRR) & R multiSnpnet package