Multi-trait modeling in polygenic scores (複数の表現型を考慮したポリジェニック・スコア解析)
Date:
大阪大学医学系研究科のバイオインフォマティクスセミナーにて、発表の機会をいただきました。
Title
複数の表現型を考慮したポリジェニック・スコア解析
Multi-trait modeling in polygenic scores
Slides
References
- [1] Qian, Tanigawa, et al. PLoS Gen. (2020). (PMID: 33095761)
- Batch screening iterative Lasso (BASIL) & R snpnet package
- [2] Tanigawa, Qian, et al. PLoS Gen. (in press) (doi: 10.1101/2021.09.02.21262942)
- Phenome-wide application of BASIL/snpnet
- [3] Sinnott-Armstrong, Tanigawa, et al. Nat Gen. (2021). (PMID: 33462484)
- Genetics of 35 biomarkers, multi-PRS
- [4] Tanigawa, Li, et al. Nat Comm (2019). (PMID: 31492854)
- DeGAs - decomposition of genetic associations
- [5] Aguirre, Tanigawa, et al. Eur J Hum Genet. (2021). (PMID: 33558700)
- DeGAs-PRS (dPRS)
- [6] Qian, Tanigawa, et al. Ann Appl Stat. (in press). (doi: 10.1101/2020.05.30.125252)
- Sparse reduced rank regression (SRRR) & R multiSnpnet package